上海长海医院药学部创立于1950年，隶属于中国人民解放军第二军医大学第一附属医院，是集临床药事管理、药学技术服务、制剂生产、教学和科研于一体的综合性临床辅诊科室，拥有1500平米的科研场地，7200平米的制剂楼，拥有制剂品种220种，每年自制制剂产值约为1,600万元。设有药品采购供应、处方调配、静脉配制、临床药学、新药Ⅰ期临床试验室和病房、制剂生产、质量控制、药物研究、《药学服务和研究》杂志社、医院药学教研室等15个功能室。

 药学部现有工作人员248名，主任高申，其中高级职称16名，中级职称40名，本科学历以上人员占全科的71%，在读博士和硕士研究生20余人，进修生及实习生30余人。拥有一支集临床药事管理学、药理学、药剂学、中药学、临床药学、临床药理学、药物分析学等多学科的专业人才队伍，设备齐全，管理先进，学术精湛，在国内外享有较好的声誉。

 药学部学科建设成绩显著，分别于1995年、1998年成为全国硕士、博士学位授权点。现为国家卫生部临床药师（师资）培训基地、全军临床药学中心、国家中医药局中药制剂三级实验室、SFDA药物临床试验机构、国家教育部重点学科、全军临床药理基地医学伦理委员会多次通过国际SIDCER认证。形成了以临床药学、临床药理学、药品信息化管理、野战与特殊条件军队特需药品给药系统研究为主攻方向的学科特色。

 药学部近年来累计获得国家科技部新药创制重大专项、863科技攻关、国家自然科学基金课题、总后军特药保密专项、上海市科委纳米专项、中药现代化项目以及企业合作新药研发项目等各类课题基金资助3600多万元。发表论文400篇，其中SCI论25篇，主编、副主编或参编出版《现代药物制剂新技术》、《生物药剂学和药物动力学》、《现代药物学》、《临床药物治疗学》、《实用医院药学》等教材和专著20余部。申请国家发明专利58项，已获授权40项，并获中国国际专利特别金奖2项。获军队科技进步二等奖4项；三等奖8项;上海市医学科技奖1项。获国家新药证书4项，新药临床研究批文2项。